Механизм вентиляции картера двигателя представляет собой золотниковый сапун, имеющий фланец и цилиндрическую поверхность с двумя диаметрально расположенными отверстиями. Так же как и на двигателе мотоцикла К-750, фланец сапуна соединен с шестерней распределительного вала штифтом и вращается вместе с ней. Цилиндрическая часть сапуна находится в гнезде крышки распределительных шестерен, и при вращении сапуна полость картера периодически сообщается с каналом в теле крышки. В отличие от системы вентиляции картера двигателя К-750, где выталкивание газов из картера происходит непосредственно в атмосферу, у двигателя МТ-801 применяется закрытая система вентиляции.
Картерные газы по каналу в крышке распределительных шестерен, через отверстие в передней стенке картера мотоцикла Днепр и установленную в нем на резьбе металлическую трубку, по резиновой трубке поступают в воздухоочиститель, из которого засасываются в цилиндры двигателя, где горючие продукты, содержащиеся в карьерных газах, сгорают.
Проходя вместе с воздухом через воздухоочиститель, картерные газы частично очищаются от смол, что уменьшает возможность их отложения на стенках воздуховодов и карбюраторах. Следует помнить, что при эксплуатации в зимнее время при низких температурах окружающего воздуха может произойти замерзание конденсата водяных паров, имеющихся в картерных газах, и закупорка резиновой трубки сапуна ледяной пробкой. Вентиляция может нарушиться и давление в картере двигателя мотоцикла Днепр повысится, что вызовет течь масла через сальники и другие места соединений.
Во избежание этого в зимнее время при температуре окружающего воздуха ниже —10°С рекомендуется снимать резиновую трубку сапуна.